¿Cómo obtener la muestra para una población de estudiantes por ciudad y colegios?

Estoy trabajando en un proyecto de investigación que está enfocado a estudiantes de la media académica quienes son la población. Debo realizar encuestas en dos ciudades a estos estudiantes de colegios que oferten estos grados. Pero no estoy segura de cómo debo calcular la muestra. Lo primero que pensé fue en tomar dos poblaciones independientes para cada ciudad con el total de colegios y de ahí obtener una muestra de colegios por ciudad. La muestra por ciudad según el cálculo no es muy diferente en cantidad a la población, solo 1 o dos colegios menos. La ciudad X tiene una muestra de 30 colegios y la ciudad Y dio una muestra de 29 colegios. A parte cada colegio tiene en promedio unos 8 cursos entre décimo y undécimo, cada curso con unos 40 estudiantes, lo que da una cantidad de estudiantes por ciudad de casi 10.000. No encuentro la forma para proceder, porque es dificultoso encuestar a todos esos estudiantes.

Agradezco de antemano si me ayudan a encontrar una solución a este caso, de cómo debería calcular la muestra para que sea representativa.