¿Buenas tengo un cachorro de 2 meses y quiero a que duerma sola por las noches es bueno que la encierre en su transportín?

Me gustaría saber si puedo encerrarla en su transportín o en una caja de cartón más que nada para que no se haga daño ni pase frío o si es mejor que la deje libre y ella sola vaya a su sitio