Problema de rodilla,baja laboral ?

Soy fijo en la empresa para la que trabajo, tengo ligamentos rotos y menisco y he estado aguantando por no hacer un feo a mi empresa, pero ya no creo que me aguante mucho mas...

Mi pregunta es si voy al medico de cabecera y decide que me tienen que operar y seguro que hay una lista de espera larga... ¿me pagan desde el primer día de la baja?