Embarazada y ciática, como cojo la baja?

Estoy embarazada de 25 semanas, soy administrativa 8h diarias y mi centro de trabajo está a 20 km de donde vivo. Desde hace algunas semanas tengo problemas de ciática y de espalda.

Tarde o temprano me tendré que coger la baja porque cada vez va siendo peor, ¿quisiera saber cómo sería la mejor forma de coger la baja? ¿Es decir ir a mi médico de cabecera y que me de la baja o de repente quedarme enganchada en mi puesto de trabajo e ir por mutua?

Sé que si es baja por la seguridad social, los primeros días no cobras, ¿luego un 65 y luego un 75 aproximadamente... Y por mutua? ¿Cobras el 100%?

Estoy un poco perdida...