¿A qué se debe el flujo color café o marrón?

Hace un mes tomé la PAE y mi regla fue muy dolorosa y escasa, al principio manchas cafés y después algo de sangre fresca y duró un poco menos de 2 días. Algo anormal en mi porque suele ser de 4 a 5 días y un poco abundante. Ya antes la había tomado y mi periodo había continuado de manera normal.

Hice 2 pruebas de embarazo y ambas dieron negativas pero este mes tengo 5 días con un flujo escaso de color marrón casi negro, y nada de sangre fresca o SPM. Únicamente un dolor en la respaldada baja.

Durante este mes y el anterior tuve relaciones con coito interrumpido.

¿Puedo estar embarazada o es el efecto alargado de las pastillas?