Plusvalía por herencia de un inmueble

He heredado de mi abuelo un apartamento con el derecho limitado en el tiempo de 55 años, ya que pasado ese tiempo, pasaría de nuevo a ser propiedad del ayuntamiento.
El apartamento lo adquirió por un montante pasado a euros de 42.000 en el año 1999 y al realizar la escritura a mi nombre, se registro por 55.000 aun sabiendas que una vez han pasado 20 años se ha depreciado y por supuesto, es un apartamento en una residencia de mayores.
Ahora me llega la carta del ayuntamiento de Sevilla la Nueva donde me dicen que se ha generado unas plusvalías de 2600 euros, algo totalmente imposible.
Me gustaría saber si tengo que hacer frente a este pago, sabiendo que no solamente son plusvalías sino minusvalía y si hay alguna deducción por ser el inmueble primera vivienda de mi abuelo y única.