Diferencia entre baja médica y baja laboral

El pasado 30 de agosto sufrí un accidente yendo de copiloto en un coche, las consecuencias han sido esguince cervical y lumbar y varias contracturas. En principio el médico me ha dado la baja laboral hasta el 11 de septiembre, mi pregunta es qué si me voy a trabajar a partir de ese día pierdo las ventajas del seguro como rehabilitación o indemnización o no tiene nada que ver una baja con otra.