Tengo un formulario hecho en php con botones agregar eliminar guardar ¿Como hago reportes y consultas group by, having

No tengo un ejemplo a la mano, pero pudo darte la lógica básica de todo:

1. Debes crear una conexión de PHP con tu gestor de base de datos (SGDB), ya sea MySQL, PostgreSQL, etc. Te recomiendo que uses PDO para conectar, ya que es como un estándar flexible a cualquier SGBD que uses [y que esté soportado por PHP].
2. Deberás incluir tu conexión en cada ficheros .php que hará la consulta. Es decir, si vas a agregar datos entonces harás un INSERT, para borrar un DELETE, para actualizar un UPDATE, para mostrar un SELECT, todos deberán llevar la conexión. Si vas agregar, crearás un fichero agregar.php (por ejemplo) y en el capturas los datos mediante POST que enviarás desde tu formulario. Luego de capturar los datos implementas tu consulta. Para ello debes usar el objeto de la conexión que creaste con PDO. Algo así, pero allí no está usando PDO, sin embargo éste sirve de mucho ya que si por A o B cambias de SGBD, sólo tendrás que cambiar pocas líneas y no todas las funciones que uses para conectar o consultar.
3. Si quieres mostrar datos, debes hacer básicamente lo mismo: Capturar datos (por si quieres hacer algún filtro por id u otro atributo), implementar tu consulta, capturar los datos resultantes de la consulta, y mostrar en tu fichero que hará de vista o interfaz.

No es muy complicado, es cuestión de que le agarres el hilo, leas y practiques.