¿Puedo pasar más de 90 días en chile con doble nacionalidad?

Mi hijo es Español y Chileno y entró al país con su pasaporte español porque no tenía el chileno. Estuvimos 4 meses en chile y cuando nos vilviamos a España nos negaron la salida porque aún no tenia el pasaporte chileno y no aceptaron el español porque dicen que escedió de los 90 días permitidos... ¿pero si tiene la nacionalidad chilena no podía estar más de 90 días? Es absurdo.