¿Deje de planificar y estoy manchando café?

Tengo 19 años y Hace un mes que deje de planificar (inyecciones) y bueno resulta que hace una semana tuve relaciones sin protección, mi periodo llego el mes pasado normal el 12 de mayo, soy irregular. El día 09 de junio me llego una menstruación de color café oscura tirando a negra, pero muy poca solo manchoncitos, pero también aveces veo como coágulos de sangre del mismo color.(Me duro 3 días). El día 11 de junio me hice una prueba de sangre y salio negativa. ¿Es normal manchar así? ¿Por qué hay coágulos en lo que menstruo? ¿Puede qué este en embarazo? ¿O es por dejar de planificar?.