Tienes razón excel no procesa el formato cuando tiene el separador de miles.
Si te interesa, preparé una macro para resolver ese problema
Sub filtro()
'busca números sin formato
'Por.Dam
ActiveSheet.AutoFilterMode = False
num = Range("B1")
Range("A3").Select
formato = ActiveCell.NumberFormat
Range("C1") = formato
Columns("A:A").Select
Selection.NumberFormat = "0"
Range("A2:d2").Select
Selection.AutoFilter
Selection.AutoFilter Field:=1, Criteria1:=num
'Columns("A:A").Select
ufila = Range("A" & Rows.Count).End(xlUp).Row
For i = 1 To ufila
Cells(i, 1).NumberFormat = Range("C1")
Next
End Sub
Instrucciones para ejecutar macro
1. Abre tu hoja de excel
2. Para abrir Vba-macros y poder pegar la macro, Presiona ALt + F11
3. Para ejecutarla presiona F5
Te anexo un link con el archivo que contiene la macro y ya sea que lo adaptes a tu hoja o te ayude a daptarlo.
https://www.dropbox.com/s/tf3ydumm9pxog3c/formato%20num.xls
Saludos. Dam