Comparar archivos creados con Microsoft Excel

Si la comparación que quieres hacer es solo para una vez, ejecuta esta macro, pero si lo haces continuamente, hay que buscar un código más rapido por que este es medio lento, en un AMD K6-2 a 350 se tarda más o menos 30 segundos con mil elementos, con los más de 30000 tuyos se tardara unos minutos, pero reitero, si lo haces solo por esta vez con esta macro es suficiente, pero si lo haces más seguido, hay que mejorar el código, pruébalo y te hago la aclaración de como deben estar tus datos:
Copia las dos columnas en una sola, podrías usar un tercer archivo, de modo que los datos queden uno encima de los otros en una sola columna, después solo deja el cursor dentro de esta columna y ejecuta la macro
Public Sub SoloUnicos()
Dim co1 As Long
Application.ScreenUpdating = False
ActiveCell.CurrentRegion.Select
If Selection.Rows.Count > 1 Then
Selection.Sort Key1:=ActiveCell, Order1:=xlAscending
Selection.Range("A1").Select
Do While Trim(ActiveCell.Offset(1, 0).Value) <> ""
If Trim(ActiveCell.Value) = Trim(ActiveCell.Offset(1, 0).Value) Then
ActiveCell.Offset(co1, 0).Delete
Else
ActiveCell.Offset(1, 0).Select
End If
Loop
End If
Application.ScreenUpdating = True
End Sub