Diferencia entre guardar txt desde java o directamente en windows

Tengo una aplicación hecha en java desde ahí se crea un archivo txt después por medio de comandos del cmd específicamente el speak file (que sirve para reproducir el sonido de algún texto especifiacado, en mi caso lo que contenga archivo.txt) mando leer el archivo. El problema es cuando el archivo contiene la "ñ" al alguna vocal acentuada. En el caso de la ñ me dice copyright y las vocales no las pronuncia. Esto sucede si el archivo esta guardado DESDE LA APP hecha en java. Pero si abro el archivo y le doy guardar de la forma común en windows y después ejecuto el comando speak file me lee el archivo correctamente. Quisiera saber cual es la diferencia de guardar el archivo desde java o directamente como se hace en windows cuando abres el archivo lo editas si es necesario y le das en la pestaña de guardar. Para tratar de encontrar una solución a mi problema ya que requiero que se leea de forma correcta al momento que se guarda el archivo desde la app.

Gracias espero me puedan ayudar..