Arreglo xml

Logre almacenar los datos en una matriz de dos dimensiones lo que quiero ahora es que quede de forma dinámica que cuando la matriz este llena continué almacenando a partir del ultimo registro y no que vuelva a sobre escribir todo de nuevo, agradezco tu ayuda de antemano.
Aquí pongo el código escrito en netbeans:
int contador = 0;
        int contador2 = 0;
        String valor = "";
        String linea;
        String [][] recolector = new String [100][100] ;
        String Arch = "fxml.xml";
        String nombre = "";
        BufferedReader in = null;
        if (Arch == null) {
            return;
        }
        try {
            FileReader Fr = new FileReader(Arch);
            String Tipo = Fr.getEncoding();
            System.out.println(Tipo);
            in = new BufferedReader(Fr);
        } catch (Exception ex) {
            System.out.println("Error de Archivo");
            return;
        }
        linea = "";
        while (true) {
            try {
                linea = in.readLine();
// Lee la linea, cada llamado al readline pasa de line en el archivo, por lo que es mejor almacenar en variable entorno
                if (linea == null) {
                   in.close();
                    return;
                }
                System.out.println(linea);
//si la linea contiene un mt encontes que realice las validaciones del caso
               if(linea.contains("<mt>")){
                    while(linea.contains("<mt>")){
                        try{
//extraigo la información contenida en el tag
                       nombre = linea.substring(linea.indexOf(">")+1,linea.lastIndexOf("<"));
                        System.out.println("Header is :" + nombre);
//agrego los datos dentro del arreglo de dos dimenciones
                         recolector [contador] [0] = nombre.trim();
                        System.out.println("Valor en el  arreglo" + recolector[contador] [0]);
                          contador++;
                        }catch (Exception e) {
                                e.printStackTrace();
                        }
//continua leyendo la linea
                     linea = in.readLine();
                    }
                }
                 while(linea.contains("<r>")){
                        try{
                         valor = linea.substring(linea.indexOf(">")+1,linea.lastIndexOf("<"));
                        System.out.println("Header is :" + valor);
                         recolector[contador2] [contador2] = valor.trim();
                  System.out.println("Valor en el  arreglo" + recolector[contador2][contador2]);
                        contador2++;
                            }catch (Exception e) {
                                e.printStackTrace();
                                }
                        linea = in.readLine();
                   ...