C:NTFS d:Fat32

Hola. Tengo dos discos en la maquina, en el primario (C) tengo Xp profesional y en el otro (d) win98se, los dos están en fat32 y me preguntaba si podría convertir a ntfs el primer disco de 40gb ( el otro es de 20gb), y si después de eso no tendría ningún problema para acceder a uno o otro disco desde cualquiera de los sistemas, o es mejor que los deje tal como están. T.I.A gracias
Vamp