PHP y código de barras

Hace poco realicé un sistema parecido al que describes, con códigos de barra, la única diferencia es que estaba en Visual Básic, pero en realidad el procedimiento es similar.
Lo que te recomiendo que uses, es un lector de los que se conectan al teclado y tiran los datos como texto.
Luego simplemente tienes que diseñar una página web, con un formulario y un campo de texto, como el lector envía el código numérico o alfanumérico y al terminar envía un ENTER esto haría que cargue el script que haría lo que sea con ese código, conectado a una DB de MySQL podes hacer de todo.
Un consejo sobre los códigos de barras.
Si tienes que hacer tus propios códigos, por ejemplo de que sea para control interno y todo eso, tratá de utilizar alguna norma de pocos caracteres, porque los lectores tiran los caracteres bastante rápido y a veces, si la maquina no es muy rápida o está media lenta o el internet explorer (en el caso de que uses eso..) no responda bien, se te perderán los códigos.
Yo te recomiendo que el programa donde los LECTORES SE CONECTEN, esté echo en visual o c++ y no por medio de un navegador, a visual básic lo podes integrar por medio de ADO a MySQL y de esta forma, estás compartiendo una db de mysql entre php y visual, entonces, para la toma de datos, etc, podes usar un soft en visual y para los listados, reportes, etc. usar php .

Yo no he hecho aun nada con código de barra, pero si he hecho una aplicación que lee fichero de texto.txt que me invian por ftp y automáticamente lo inserto en una base de datos.
Podrías hacer algo por el estilo.
Había que plantearlo bien, pero creo que es posible hacer algo.
Porque lo lectores de código la información se insertan en fichero de texto. Y con fichero puede hacer lo que quieras.