Java con JavaScript en JSP

Creo que no he entendido muy bien tu pregunta, pero te voy a responder lo que creo que me has preguntado...
Si lo que piensas hacer es algo así:
function funcion()
{
var variable;
JAVA.UTIL.VECTOR vVector = new Vector()
}
Pues NO. Esto nunca se puede hacer, nunca podrás mezclar código javascript con java como si fueran juntos.
Por el contrario si puedes poner código java, pero que se ejecutara antes de incluso crear la página, de hecho es el resultado de la creación de página
function funcion()
{
var variable;
<%
JAVA.UTIL.VECTOR vVector = new Vector()
%>
}
Por supuesta java. Útil. Vector se escribe en minúsculas pero lo había puesto para resaltar de alguna forma el código java.

Para incrustar código java necesitas hacerlo en una página con extensión JSP, por tanto abres las etiquetas :<% %> e incrustas el código de java. Si deseas incrustar código de javascript ya sería dentro de las etiquetas <Script> de tu código HTML, eso es todo. Sin embargo como recomendación: no incrustes código, va en contra de las buenas prácticas de programación.