¿Empresa en Canarias con mismo CIF Península puede traspasar mercancía almacén península y Canarias?

La duda está en los trámites que hay que realizar en cuanto a la fiscalidad que es diferente entre Península y Canarias. La mercancía ha sido comprado en Península con IVA por una empresa con el miso CIF en Canarias y necesita llevar la mercancía de Península a Canarias, que documentos habría que realizar en el caso de que tenga el mismo CIF, si fueran CIF diferentes la operativa es clara, pero me surge la duda tratándose del mismo CIF ya que no veo muy claro que haya que hacer una factura pero si un documento valorado para pasar las aduanas en Canarias ¿ de que manera quedarían totalmente transparente transparentes estos envíos de mercancía ?