Alta fuera de plazo de trabajadores Seguridad Social

Buenas tardes. Soy empresario y he dado de alta a trabajadores con fecha posterior al alta inicial. Pero no ha sido intencionadamente. Les cuento. Hemos empezado a trabajar con un programa nuevo de gestión de nóminas y al enviar el fichero no iba el código de autorización.

El fichero se mandó el 31 de octubre y los trabajadores empezaban a trabajar algunos el 31 y otros 1 de noviembre. El fichero está como mandado correctamente pero al no llevar el código de autorización del sistema red, es como si no hubiera hecho nada. Me comuniqué con ellos y me dijeron que volviera a mandarlo. Clara me contestan que está fuera de plazo las 20 altas que dí. Les he mandado infinidad de correos para que me pusiera en el Alta Efectiva de Alta al 1 de noviembre y no el 6 como aparecen los trabajadores, pero me han comunicado que no pueden hacerlo con la documentación que les mando.

Mi pregunta es, si pago este mes de noviembre los seguros sociales de los trabajadores dados de alta el 31 de octubre, ¿directamente me cambian la fecha efectiva de alta a esa fecha o tengo que solicitarlo? Deducción sacada de la legislación vigente:
"Las altas presentadas fuera de plazo tendrán efectos desde el día en que se presente la solicitud, salvo que el ingreso de las cuotas se hubiera producido en el plazo reglamentario, en cuyo caso el alta retrotraerá sus efectos a la fecha en que se hayan ingresado las primeras cuotas correspondientes al trabajador de que se trate"

Me pueden sancionar, eso lo sé, pero sería mínimo 300 euros por trabajador, sería mucha sanción no?

Si en la SEguridad Social de mi provincia me deniegan mi solicitud, ¿dónde puedo alegar?

Saludos y muchas gracias.