Autonomo + asalariado

Hola MarianeLamp, en primer lugar agradecerte que contestes nuestras preguntas.
Actualmente soy autónomo, por un lado realizo las 40h semanales en una empresa y soy administrador de una empresa familiar que le dedico un dos horas a la semana, por circunstancias internas de mi empresa me tienen que hacer contrato fijo de 40h, ¿mi pregunta es debo pagar la seguridad social por autónomos si ya se paga en mi nueva nomina?...
Muchas gracias