¿Puedo tener problemas si pago más en la licencia de obras que lo que me cuesta la obra?

En el proyecto aparece 108.000 el ayuntamiento dice que vale 122.000 y me pide que liquide la diferencia pero el constructor solo me lleva 105.000, como voy a liquidar por lo que ellos dice si no me va a costar eso y si luego me dicen que presente facturas por ese valor qué voy hacer si eso no me va a costar puedo hacer algo? ¿ Alguien me puede decir que me ha costado más la obra? No veo lógico esa diferencia, que puedo hacer para que el ayuntamiento recapacite ¡¡¡¡ la construcción ha bajado el precio y parece que ellos no se enteran.