Por coger una excedencia te pueden restar del finiquito las vacaciones ya disfrutadas y lactancia

Mi baja maternal termina ahora en junio. Pretendo coger, vacaciones del año pasado, lactancia acumulada y 30 días de vacaciones de éste año. En septiembre pretendo solicitar una excedencia. La empresa me comenta que en el finiquito me restará la proporción de las vacaciones ya disfrutadas y parte de la lactancia ya disfrutada puesto que no me corresponde, por coger la excedencia, lo correspondiente a los tres meses posteriores. ¿Es así?