Despedido por baja laboral en periodo de prueba

Hola, y de antemano gracias.
La semana pasada empecé a trabajar como comercial en una empresa. Tengo una dolencia en las rodillas, por condromalacia rotuliana, la cual padezco ya hace años, sobretodo en los últimos meses y por lo cual estoy recibiendo tratamiento medico desde hace dos semanas que consiste en una serie de infiltraciones, tratamiento conservador con el que vamos a intentar evitar la intervencion quirúrgica.
La semana pasada pasé el reconocimiento medico en la mutua correspondiente, y por motivos evidentes no dije nada sobre esta afectacion. Por mi situacion personal necesito este trabajo y además no tengo nada de paro desde hace ya un tiempo.
El problema es que después de estar trabajando en esta empresa solo tres días, llevo la rodilla con muchisimo dolor y visiblemente inflamada, debido a estar andando y depié muchas horas, y también subiendo y bajando escaleras.
He pasado consulta con mi medico de cabecera, el cual tras verme la rodilla derecha quiere darme la baja, y considera que no puedo seguir ejerciendo el trabajo por ser contraproducente tanto con mi afectación como con el tratamiento de la misma. Lo cierto es que por más que le de vueltas no puedo seguir realizando ese trabajo.
Aunque no es el trabajo de mi vida no quiero quedar mal con la empresa. No es plato de buen gusto, y además nunca se sabe en un futuro. Pero bien es cierto que estoy como tantos otros españoles en una situacion desesperante y necesito un sueldo para comer. Además si el tratamiento conservador no funciona, tendré que ser intervenido, con lo cual existe la posibilidad de que desgraciadamente se alargue esta situación, lo cual sería para mi económicamente insostenible.
En este momento y aunque tengo contrato y ya me han dado de alta en la seguridad social, estoy evidentemente todavía en periodo de prueba. Si cojo una baja laboral por contingencias comunes y les explico lo que me pasa van a despedirme inmediatamente. Me consta que funcionan así.
En este caso, y según tengo entendido, desde el momento del despido sería la mutua la que se encargaría de abonar el subsidio por IT. Mi duda entonces es,
¿También se encargará la mutua del abono de ese subsidio, aunque en el momento del despido sólo llevase unos días y me encontrase en periodo de prueba? Tengo entendido que la mutua se hace cargo a partir del día 16 de la baja, pero mi periodo de prueba son 15 días, y si fuese despedido antes?
Y, sobretodo, ¿No podrá alegar nada la mutua ni la empresa por no mencionar la afectación fisica que padezco y el tratamiento que ya estaba recibiendo, en el reciente reconocimiento medico? Como digo, el tratamiento empezo con anterioridad y no se si podran de alguna manera recabar informacion sobre esto.
Por otro lado, segun me han dicho en el inss, la condicion para cobrar este subsidio es tener 180 dias cotizados en los últimos 5 años. Lo que no se es si esos 180 dias han de ser en el regimen general. En los ultimos 5 años he estado trabajando como autónomo. Según me han dicho en el inss, solo se dispone como condición que se hayan tenido 180 dias, sin establecer el regimen, por lo que se puede deducir que sí que cumplo esa condición, pero quiero estar seguro.
Como veis, es una situación sumamente desesperante y desagradable. Agradezco cualquier tipo de asesoramiento.
Muchas gracias, saludos.