Duda con unas nóminas

Buenos días

He tenido un problema con las nóminas de junio, julio y la paga de verano.

Resulta que el 13 de junio me di de baja por maternidad. Desde el 13 al 30 me lo ha pagado la Mutua, y se supone que mi jefe me tenía que pagar del 1 al 12, pero me pagó el mes entero. Le llamé y me dijo que de momento me quedara el dinero, porque él todavía me debía unas gratificaciones y ya arreglaríamos cuentas de ahí. Hasta aquí bien.

Pero resulta que acaba el mes de julio, en el que he estado el mes entero de baja, y la Mutua me paga el mes, pero resulta que mi jefe me abona la nomina entera y la paga de verano. Resulta que no había informado a su gestoría de mi situación y no habían modificado nada. Le llamo de nuevo y al final se pone en contacto conmigo su gestoría:
Me dicen que la nómina de junio, a pesar de estar mal porque me pagan 30 días en vez de 12, ya no se puede tocar porque la mandan por trimestres a Hacienda y ya está mandada, por lo que deciden modificar la de julio a 0€, ya que ellos no me tienen que pagar nada porque me lo paga la Mutua, y incluir en la paga de verano los anticipos de junio.
El caso es que algo no me cuadra porque me parece que voy a cobrar menos con este arreglo de lo que debería si lo hubiesen hecho bien...

Os pongo los números:
En junio mi sueldo bruto por 30 días es de 1022€, y me aplican un 7.28% de IRPF, que junto con lo que me quitarían de SS y formación se me queda en 867€ limpios. Esto es lo que me ingresaron y me han dicho que no pueden modificar. Pero yo debía haber cobrado 12 días en vez de 30... No se si los cálculos están bien hechos pero 867/30=28.90€*12=346.80... 347€ para redondear
Ahora la paga de verano son 944€ en bruto, y me aplican un 6% de IRPF, se me queda en 887€. Por tanto yo debía de haber cobrado 887+347=1234€

Lo que ellos me han hecho ha sido añadirme en la paga de verano, en concepto de anticipo, lo que se supone que he cobrado de más en junio, como si en junio me hubiesen adelantado parte de la extra. Y lo han hecho así: han cogido los 1022€ brutos de junio (a los que ya les aplicaron en junio IRPF, SS, formación...), dividen por 30 y multiplican por 18, que son los días de más que me pagaron. Sale 613.20€. Esta cantidad la han incluido en la extra como anticipo, de tal forma que me ponen 944€ brutos a los que le aplican un 6% de IRPF, luego le restan los 613.20€ y el resultado es lo que me quieren ingresar, unos 274€. Por tanto cobraría 867€ que me pagaron en junio y 274€ en la extra. En total 1141€. Una diferencia de 93€ con respecto a si hubiesen hecho bien su trabajo...

La gestoría suya me dice que no me preocupe porque luego Hacienda me lo devolverá, pero yo no estoy tan segura... Me da la impresión que a esos 613.20€ les han aplicado dos veces retenciones, y que luego una de las veces no me va a contar como rendimiento del trabajo, por lo que no me van a devolver cuando haga la declaración...

Si pudieseis ayudarme os lo agradecería!! Perdonad por el tocho... Y muchas gracias de antemano