Despido estando de baja en IT

Buenos días.
Me despidieron a mediados de 2011 estando de baja por IT, demande a la empresa y en estos días he recibido la sentencia - despido improcedente, sin sueldos de tramitación por estar en IT -la empresa me ha readmitido, actualmente sigo de baja por IT.
Mi pregunta es la siguiente, durante todo este tiempo he estado cobrando de la mutua el subsidio, al declararse improcedente el despido, la empresa como pago delegado tendrá que regularizarme la diferencia entre lo que he cobrado de subsidio y el 75% de mi base de cotización que es lo que cobraba antes del despido estando de baja por IT.
Voy a poner un ejemplo para que quede más claro. Antes del despido ya me encontraba de baja por IT cobrando el 75% de mi base de cotización supongamos 2000 €, me despiden y paso a cobrar el subsidio que me paga la mutua 1000 €, así durante seis meses hasta que se dictan sentencia que paso a cobrar otra vez 2000 € por seguir de baja por IT. Si la sentencia dice que ha sido despido improcedente, yo durante los seis meses que he estado despedido he dejado de percibir 1000 € mensuales que alguien tendrá que pagarme,  la empresa como pago delegado, la Seg. Social o la Mutua.
Muchas gracias de antemano. Un saludo.

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