Alta en vacaciones

Hola
mi problema es un poco peculiar.
El caso es que el dia 24 de julio tengo un accidente con la bicicleta y me rompo la tibia y logicamente cojo la baja laboral, hasta aqui todo correcto.
el caso es que por motivos personales y tambien por miras a la empresa(estoy asegurado por cuanta ajena) decido coger el alta el dia 1 de agosto, el mismo dia en el que estan asignadas las vacaciones, creia que tendria el pie listo para el 31 de agosto (hoy) pero no lo esta tengo para como minimo una semana mas y tengo que coger la baja el mismo dia en el que mis vacaciones terminan. Le llamo el lunes 29 para decirle que tengo que volver a coger la baja, pero hoy e recibido una llamada suya que habia llamado al gestor y que le estoy intentado timar, que ahora el tiene un problema con no se quien por coger dos bajas con el mismo motivo.... La verdad es que parece que intentando hacer las cosas mirando por la empresa, pareceser que la he undido mas, o eso me ha dado a entender
he echo mal??
en que le puede repercutir a la empresa??
y a mi??
por favor, si me resondiesen me seria de gran ayuda para entender y decir si fuese el caso a mi jefe que esta equivocado
gracias