Impago, IRPF y Hacienda

Queria realizar la siguiente consulta:
El año pasado trabajé en una empresa que se fué al traste y de la que no cobré los ultimos dos meses. Por desconocimiento, falta de tiempo, etc no puse denuncia alguna. El caso es que este año, al realizar la declaración de la renta, Hacienda no solo está contando estos dos meses como cobrados, sino que además, no les aplican la retención y los gastos. El resultado de la declaración es, como no, a pagar (las retenciones y los gastos de estos 2 meses, supongo).
La adminisatrción me dice que, sin denuncia, ellos hacen caso a "el 190" de la empresa, que dice que lo he cobrado todo. 
Y mi pregunta es ¿como puedo demostrar yo que NO he cobrado? ¿es lógico que hacienda diga que he cobrado pero al mismo tiempo la empresa no haya pagado el IRPF y la SS? ¿tengo que ser yo el que demuestre que NO he cobrado o puedo exigir yo a Hacienda que me demuestre que SI lo he hecho?
Gracias y un saludo.

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