Descuento Prorrata de Pagas

En mi nomina de la paga extra de Diciembre veo que me hacen el descuento correspondiente de IRPF. Sin embargo, en el resto de las nominas de todo el año, veo que en el apartado de Prorrata de Pagas me hacen también descuento. ¿Esto es normal?, ¿No me están descontado dinero dos veces?