Contrato mercantil: clausula indemnización por romper relación?

Me he olvidado de hacer otra pregunta, si empiezo a trabajar en la empresa (donde hasta ahora estaba como empleada) como autónoma supongo que podemos establecer un contrato mercantil...¿se pueden poner clausulas concretas como, por ejemplo, recibir una indemnización en el caso de que se rompa la relación contractual?

Muchas gracias.