Separación y custodia

Buenos días.
Expongo mi caso ante la desesperación
Convivo con mi pareja desde hace 3 años en un piso perteneciente a la guardia civil, debido a que yo pertenezco a este cuerpo. Ella es madre soltera de un niño que en la actualidad tiene 9 años. El padre no quiso hacerse cargo del niño y ella ha salido adelante sin ningún tipo de ayuda. Ahora tenemos otro niño en común de 2 años. Yo me he hecho cargo de todo respecto a educación, alimentación y como padre del niño de 9 años, ahora de repente quiere convertirse al reino de los Testigos de JEhova, anteponiedo esta "secta", a su propia familia.
Quiero separarme, tengo un piso de mi propiedad que compre de soltero del cual me resta por pagar 90000 euros. Esta vivienda esta alquilada.
¿Mi pregunta es la siguiente?
Si me separo ¿puede quitarme el piso alquilado? O se quedaría en la vivienda del la guradia civil.?
Cuando se establece la pensión alimenticia, si yo gano 1500 euros, y ella 1000, a la hora de establecer la pensión, que ocurriría si yo me fuera a vivir al piso alquilado y pagara la hipoteca de 600 euros, se descontaría de los 1500 y luego se calcularía la pensión o no tiene nada que ver.
Por otro lado me gustaría saber :
Si vendieria el piso de mi propiedad para no tener vivienda alguna, ella se quedaría en el piso de la guardia civil. Pero temporalmente, ya que en el momento que yo cambiera de destino, lo tendría que abandonar.
Por favor darme el mejor consejo.