Pagar IRPF por nóminas no cobradas

Hola.
Comencé a trabajar en una empresa (S.L.) el 13 de Febrero de 2012. (Antes de eso durante el año 2012 estuve en situación de desempleo SIN cobrar prestación ni subsidio alguno)
Mi relación laboral con la empresa duró hasta el 31 de Octubre de 2012.
Desde el 1 de Noviembre hasta el 31 de Diciembre estuve en situación de desempleo cobrando la prestación que me correspondía.
Es decir trabajé "medio" mes de Febrero y 8 meses completos más.

La empresa no me pagó las 3 últimas nóminas, es decir, Agosto, Septiembre y Octubre.
Ahora me llega el borrador de la declaración de IRPF con los datos fiscales y se me imputan unos ingresos por parte de la empresa por el total de nóminas incluidas las 3 que no he cobrado y tengo demandas judicialmente.
He revisado el certificado de retenciones (cosa que no hice en su día) y la cantidad coincide con lo cual asumo que fue la asesoría de la empresa la que tomó la decisión de imputarme esas nóminas como pagadas, no se si obrando correctamente o no.

Mi pregunta es, ¿al no haber cobrado esas 3 nóminas en 2012 puedo solicitar a la AEAT que no tenga en cuenta esos ingresos?
Teniendo en cuenta que no se si el juez estimará mi demanda (aunque todo parece indicar que sí, según mi abogado) y que en caso de hacerlo cobraré ese dinero en 2013 con suerte o seguramente ya en 2014, no me parece justo pagar impuestos ahora por el. Además, tampoco sé la cantidad que estimará el juez.

De poder hacerlo, ¿cual sería el modo?

Muchas gracias, un saludo.