Prepago - Factura o no?

Hola,
me gustaría saber si tenemos que hacer factura por un dinero cobrado por adelantado según contrato. La factura normalmente la realizamos cada 3 meses, pero nos pagaran por adelantado esa cantidad. ¿debemos realizar una factura al cliente? ¿o algún comprobante? O simplemente con la firma del contrato donde estipula las condiciones es suficiente.
gracias y un saludo