Movimientos bancarios

Tengo que contabilizar movimientos que hago entre mis cuentas bancarias, es decir tengo dos empresas cada una con su cuenta en el banco, que ocurre que a veces por ejemplo la empresa A le hace una transferencia a la empresa B de 5000€ como lo contabilizo.
El programa de ordenador para cada empresa es diferente es decir tanto la empresa A como la empresa B utilizan la misma cuenta de banco la 572*8 entonces claro como contabilizo este movimiento.
Y luego tengo cosas que por ejemplo estan contablizadas con el nombre de la empresa A pero pagadas por la empresa B y claro tengo los saldos descubiertos por estos temas, como contabilizo esto.