Autoconsumo de servicios

Buenos días,

He contabilizado una factura de una empresa que imparte cursos bonificados y que ha impartido uno de esos cursos a sus propios trabajadores (es una actividad exenta de IVA). El caso es que ahora me dice el Servicio Público de Empleo que al ser la propia empresa la que imparte el curso no necesitaba hacer factura, sino que con presentar la ficha de bonificación sirve. Pero esta factura es de septiembre...¿cómo la anulo? ¿Sería autoconsumo de servicios? ¿Puedo compensarla de alguna manera para que desaparezca ese saldo de la cuenta de cliente, que es la propia empresa?

Gracias.-