Consolidacion contable

Quería saber vuestra opinión sobre una eliminación por operaciones internas en una consolidación contable.
Se trata una sociedad que factura a otra del grupo por el arrendamiento de un inmueble, con la particularidad que la arrendataria está exenta de IVA (sector sanitario), por lo que los ingresos del arrendador son por la base imponible, y los gastos de la arrendataria comprenden la base imponible + IVA (por ser este no deducible). Las eliminaciones plantean un problema porque no se corresponden el importe de los saldos a eliminar (los gastos son mayores a los ingresos).
En este caso la sociedad dominante es la que está exenta de IVA (y lo registra como mayor gasto de alquileres).
Podría pensarse en aplicar los criterios de la dominante a efectos del consolidado, pero este criterio chirría en los resultados consolidados; y por otra parte, si se aplican los específicos de cada actividad, surge una diferencia en la eliminación de los gastos-ingresos intragrupo. ¿Qué opinais?

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