Múltiples PDF

Necesitas que tus archivos sean procesables, es decir, que cualquier programa que haga PDF los pueda interpretar. Puedes utilizar Acrobat Distiller. Coloca en una carpeta los archivos PUES (postscrip) o EPS. En las preferencias de Distiller (Watched Folder), agrega la carpeta donde están los archivos para que cada vez que "caiga" se procese.
Si utilizas MAC OX puedes hacerlo con Automator. Existen muchos programas gratuitos para hacer esto, aunque no te dejan controlar el color o las fuentes.

Gracias por la ayuda prestada pero se me olvido comentar que los archivos que quiero pasar son excel no son pues, ese es mi mayor problema.
¿Así se le ocurre algo?
Gracias por la ayuda.

Lo que tienes que hacer es tus archivos de Excel mandarlos a imprimir y en lugar de imprimirlos, debes guardarlos con la opción "Imprimir a archivo"* con esto te saldrá una ventana y una extensión .prm o algo parecido. Cámbiala por .pues y guarda el archivo en la carpeta destinada a procesar los archivos.
Creo que así puedes procesar todos tus archivos a PDF.
Saludos.
* Debes tener instalada una impresora postscrip virtual si no te aparece esta opción.