¿Seguridad de JavaScript?

Ese es uno de los problemas del Javascript, el único modo de ocultar el código es agrupar todos las funciones Javascript y almacenarlas en un fichero de extensión JS (funciones.js) desde la página html lo que haremos en invocar este archivo para incorporar sus funciones, esto hace el código más "limpio" y relativamente seguro, pero tendremos el problema de que el usuario pueda acceder a ese fichero y descargarlo, aunque mediante sistemas de seguridad se podrá impedir.
<script src="/javascript/autoconfig_logic.js"></script>
Esa es la única opción que existe, ya que Javascript es realmente una herramienta de ayuda y no un lenguaje propiamente dicho.