Tengo un proyecto en el que debo levantar un servidor con MySQL bajo un sistema Linux.

Si, claro, no hay ningún problema en hacerlo. Lo que sí será importante es que cuando vayas a realizar el traspaso de datos, realices la exportación con una herramientas como mysqlcc (que la tienes en el mismo sitio web que mysql), extrayendo los datos en forma de sentencias SQL, y después realices la importación ejecutando esas sentencias en el servidor, ya sea usando la consola (mirate la documentación del programa cliente mysql, que permite hacerlo), o con alguna herramienta tipo phpmyadmin.
También recuerda configurar debidamente mysql para que sea capaz de aceptar los clientes remotos, aunque particularmente permitir eso es un agujero de seguridad importante y no se debería permitir, pero si estableces unas bases de seguridad buenas, se puede hacer...
Chao.