Indemniz.por daños en transp. Mercan ¿Exentas IVA?

Hola, mi empresa vende mercancías que transporte por agencia para que llegue a sus clientes.
Uno de los paquetes ha sido dañado en la manipulación por la agencia de transportes y nos van a indemnizar por ello.
No sé si tengo que pasarles una factura, y si ésta está exenta de Iva.
¿Me podría aclarar estos puntos por favor?