5% Gastos difícil justificación e IVA.

Hola. Mi pregunta es sobre el iva y el 5% de gastos de difícil justificación. No estoy seguro de una cosa, y creo que no es muy complicada, pero no estoy seguro de como funciona.
Normalmente si tienes una factura de 1000 + 16% de IVA, ¿metes los 1000? ¿Cómo ganancia y luego 116? (¿El IVA) como iva cobrado no? ¿Y si tienes una factura para desgravar de 500? + ¿16 % de IVA metes los 500? ¿Cómo gasto y 58? (¿El IVA) como iva que te puedes desgravar no? Vale hasta ahí bien. Ahora viene lo del 5% de gastos de difícil justificación. El tema es, ¿tu coges los 1000? De ingresos - ¿Los 500? ¿De gastos y te da 500? ¿De beneficio neto de ahí haces el 5% que son 25? Y esto se lo sumas a los gastos. Vale, pero al igual que una factura normal tiene base imponible e iva, ¿esto cómo seria? ¿Pongo los 25? ¿Cómo gasto para el IRPF y luego el 16% de iva de esos 25? Para desgrabarme ese IVA, ¿o eso no se puede hacer? O tan solo hago el 5% de ingresos - gastos y se lo sumo a los gastos, ¿y eso va para la declaración del IRPF y en la declaración del IVA no se pone nada de ese 5% ni se desgrava nada de esos gastos de difícil justificación?
Yo me supongo que solo haces el 5% y eso solo lo metes en el IRPF, por que no puedes desgravar un IVA del que no tienes factura justificada, pero es que no lo se de fijo.
Muchas gracias de antemano por las respuesta.
Víctor Cabero
P.D.: Por cierto, soy autónomo y hago las declaraciones en estimación directa simplificada (creo, jejej, yo hago el modelo 300 y 130 trimestrales)
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