Base de cotización

Hola escribo para preguntar lo siguiente:
Mi pareja trabaja como dependienta en empresa dedicada a la venta de cosmética y por llegar a una meta anual le pagaron un premio que sumado a su salario base hace una cantidad elevada en su nomina de septiembre. Mi pregunta:

1) si los descuentos IRPF (8%), CONTIG. COMUNES (4,7%) y DESEM. Y FP (1.65%) se aplican sobre el total de los ingresos??? O hay un limite y a partir de allí no se aplica el descuento??

2) en las nominas de octubre, noviembre y diciembre le aplicaron el irpf (8%)sobre el total de los ingresos de esas nominas pero las CONTIG. COMUNES (4,7%) y DESEM. Y FP (1.65%) se lo aplicaron sobre un monto mayor que el de la sumatoria de los ingresos de esas nominas y ella pregunto a la empresa y le dijeron que como en septiembre habría cobrado un premio estos descuentos eran mayores???? Esto es asi???

Desde ya muchas gracias.