Nomina pagada por enfermedad común y tienen que rectificar a accidente de trabajo

Estoy de baja por accidente de trabajo con dos impugnaciones al alta a la mutua esta ultima impugnación se han retrasado en la resolución como un mes y medio en resolver mi pregunta es si la empresa me ha pagado las nóminas como enfermedad común y ahora el inss ha resuelto que es accidente de trabajo como se calcula la diferencia. Si el calculo de la nómina esta con los devengos y ahora me hacen la diferencia de enfermedad común se lo restan a la cantidad a percibir otra vez con los devengos es correcto así .