Como hago para convertir un vídeo formato MKV a MP4, sin perder audios y subtítulos del vídeo

Normalmente descargo películas en formato MP4 y estas tienen audios y subtítulos, pero me encontré con videos en formato MKV y al ponerlos en programas de conversión de video solo me permite elegir un idioma y los subtítulos o van pegados al video o no se incluyen, mi pregunta es cómo hago para convertir el archivo de MKV a MP4 conservando las características del video original