Pago de baja por cheque o transferencia

Llevo 7 días de baja por depresion y mi medico me ha dado una semana más, con revisión prevista. Mi jefe dice que por estar de baja ha de pagarme con cheque y no por transferencia bancaria. Tengo discapacidad y mi empresa es un centro especial de empleo. A mi jefe no le ha hecho ninguna gracia lo de mi baja. ¿Me dice la verdad con lo del cheque? ¿Puedo pedir que me pague como siempre, por banco?