Vuelta a España con NIE permanente en vigor

Tengo residencia permanente en España desde diciembre de 2015. Hace 18 meses volví a mi país por motivos personales, pero ahora estoy pensando volver a España. En el momento de irme estaba cobrando el subsidio por desempleo y al no renovarlo dejé de cobrarlo en septiembre de 2016. Mi pregunta es si pueden saber que he estado todo este tiempo fuera de España cuando entre con mi pasaporte que también está en vigor o con mi NIE (los dos caducan en 2020) o si al estar el NIE en vigor no tendría problema. ¿Puede ser también que me quede sin cobertura médica por haber estado este tiempo fuera del país?

¿Cuáles son las vías que utilizan para detectar este tiempo fuera de España? Por que en todos sitios veo el tiempo que no se puede exceder pero en ninguno cómo consiguen saberlo.