Flujo marrón por bastante tiempo

Tengo una duda muy grande ya que he tenido relaciones sexuales con mi pareja ya hace bastante tiempo pero hace dos meses me comento que tuvo un flujo de color café (como dato su menstruación es irregular) y fue con su medico de confianza y le dio unas pastillas no se cuales la verdad porque le dijeron que tenia una infección (yo pensaba que estaba embarazada) pero ha tenido este flujo de color café hasta la fecha y no a menstruado ya que normalmente tenia su periodo cada tres meses era lo más normal no siempre pero no se que tiene ya me tiene preocupado y no se si esta embarazada o una alguna infección