Autoemplearse y cobrar con una empresa SL

Puede parecer una pregunta algo rara pero no comprendo del todo como funciona el tema de una empresa en el momento de "cobrar". Si creo una empresa con un compañero, ambos tendríamos que cobrar (digamos el 50% de lo que ganemos para cada uno). No obstante, todas las facturas y demás las haríamos a nombre de la empresa y el ingreso y el dinero quedaría en la cuenta de la propia empresa... Entonces... ¿cómo se hace para cobrar los dos? ¿Tenemos qué ponernos un sueldo para poder sacar el dinero? ¿Cómo funciona realmente? ¿Tendríamos qué estar como autónomos...?