Problema en la rodilla, rm no muestra alteraciones

Desde hace un tiempo tengo dolor en ambas rodillas. Del lado izquierdo el dolor es más intenso, el traumatólogo me dijo que con respecto al lado derecho el dolor sería por forzar la rodilla por proteger a la otra. También dijo que probablemente tenga tendinitis rotuliana o incluso podría ser una lesión en el menisco, esto porque al extender la pierna la rodilla izquierda se siente como trabada, y al flexionar hace ruídos. Sin embargo en la rm no salió nada anormal. Quiero aclarar que también tengo problemas en la espalda (desde los 12 años), específicamente en los discos L4 L5 S1 (protrusión discal), pero el dolor en la rodilla es distinto al que se siente cuando es el nervio ciatico que recorre la pierna y baja al tobillo, este dolor es localizado en la rodilla en los laterales y en la parte frontal; además de los discos también tengo la columna recta, sin la curvatura normal en forma de "s". Cuando el médico presionó en el centro de la rodilla (no manejo los nombres, pero es en ese espacio que queda al extener la pierna) sentí un dolor terrible. Y por si sea relevante, tengo los pies planos, en el pie izquierdo sobresale un poco el hueso navicular y al hacerle presión duele. Otros datos: jugué basket desde los 8 a 18 años (saltaba alto, tenía buena masa muscular, potencia, velocidad, pesaba entre 60 a 66 kilos), también iba regularmente al gym; actualmente tengo 21 años, tengo 1,62 de estatura, peso 53 kilos y dejé todo tipo de actividad física ¿Cuál podría ser el problema? Ya que en la resonancia no se ve nada anormal.