Presentación del modelo fuera de plazo pero pagado en plazo

Soy autónoma desde febrero de 2016 y me ha estado haciendo las declaraciones trimestrales. El me mandaba el importe a pagar y yo le mandaba el NRC y sin problema.
Cuando me puse en contacto con él para hacer la declaración del cuarto trimestre, no hubo manera, así que me puse a hacerla yo y mirando descubrí que la declaración del 3T no está pasada.
Por lo tanto, me gustaría saber cual es el procedimiento que tengo que seguir, si lo puedo solucionar por la web o tengo que ir a hacienda y, en ese caso, ¿qué tendría que llevar?

Yo tengo el borrador y el justificante del pago del banco con el NRC.