Sobre bajas y altas laborales de enfermedad común

El pasado 5/10/16 pido baja por enfermedad común, tras el reposo y recuperación decido volver al trabajo y lo hablo con mi medico para empezar el trabajo lunes día 24/10/16, me expide el alta con fecha viernes 21/10/16, serian un total de 16 días, mi jefe me comenta unos días después de volver a trabajar que los días 21,22 y 23 el los ha perdido, que si el medico hubiera realizado el alta en fecha 24 estos días los pagaría la mutua y no el. Mi sorpresa, que unos días más tarde mi jefe me insiste con el tema de que el medico me ha hecho el alta en la fecha del viernes 21 cuando debería haber sido de lunes 24, va a tener que pagarme esos 3 días no trabajados y propone quitármelos de vacaciones para compensar, yo le he dicho que no estoy de acuerdo.

Yo entiendo los intereses de mi jefe pero no se si tengo que ser yo el responsable que pague por esta equivocación.

¿Debo prescindir legalmente de esos 3 días de vacaciones como compensación por el "error"?

¿Debe la empresa pagarme los días 22 y 23 al 100% por ser días en los que estoy de alta aunque la empresa no trabaje esos días?